
本研究旨在通過博清生物科技(南京)有限公司研發(fā)生產(chǎn)的熒光定量PCR儀技術(shù),深入探究某基因在植物響應(yīng)干旱、高溫等逆境脅迫下的表達(dá)模式。以擬南芥為實(shí)驗(yàn)材料,分別對(duì)其進(jìn)行干旱和高溫處理,提取不同處理時(shí)間點(diǎn)的總RNA,反轉(zhuǎn)錄為cDNA 后,運(yùn)用熒光定量PCR儀檢測(cè)目標(biāo)基因的表達(dá)量變化。結(jié)果顯示,該基因在干旱和高溫脅迫下的表達(dá)呈現(xiàn)出動(dòng)態(tài)變化趨勢(shì),在不同處理時(shí)間點(diǎn)具有顯著差異,表明該基因可能在植物響應(yīng)逆境脅迫過程中發(fā)揮重要作用。本研究為進(jìn)一步解析植物抗逆分子機(jī)制提供了理論依據(jù),也為后續(xù)培育抗逆植物新品種奠定了基礎(chǔ)。
一、引言
植物在生長(zhǎng)發(fā)育過程中,不可避免地會(huì)遭遇各種逆境脅迫,如干旱、高溫、低溫、鹽漬等。這些逆境脅迫嚴(yán)重影響植物的生長(zhǎng)、發(fā)育和產(chǎn)量,甚至導(dǎo)致植物死亡。為了應(yīng)對(duì)逆境脅迫,植物在長(zhǎng)期的進(jìn)化過程中形成了一系列復(fù)雜而精細(xì)的生理和分子調(diào)控機(jī)制 ?;虮磉_(dá)調(diào)控是植物響應(yīng)逆境脅迫的重要方式之一,通過調(diào)控相關(guān)基因的表達(dá),植物可以合成特定的蛋白質(zhì)或代謝產(chǎn)物,從而增強(qiáng)自身的抗逆能力。
博清生物科技(南京)有限公司研發(fā)生產(chǎn)的熒光定量PCR儀是一種在DNA擴(kuò)增反應(yīng)中,以熒光化學(xué)物質(zhì)測(cè)每次聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)循環(huán)后產(chǎn)物總量的方法。它具有靈敏度高、特異性強(qiáng)、重復(fù)性好、能準(zhǔn)確定量等優(yōu)點(diǎn),已成為研究基因表達(dá)調(diào)控的重要技術(shù)手段。利用熒光定量PCR儀技術(shù),科研人員可以快速、準(zhǔn)確地檢測(cè)目標(biāo)基因在不同組織、不同發(fā)育階段以及不同環(huán)境條件下的表達(dá)水平,從而深入了解基因的功能和表達(dá)調(diào)控機(jī)制。
目前,已有大量研究利用熒光定量PCR儀技術(shù)對(duì)植物響應(yīng)逆境脅迫的基因表達(dá)模式進(jìn)行了分析,并鑒定出了許多與植物抗逆相關(guān)的基因 。然而,對(duì)于某基因在植物響應(yīng)逆境脅迫中的作用機(jī)制仍有待進(jìn)一步深入研究。因此,本研究以擬南芥為材料,運(yùn)用熒光定量PCR技術(shù)分析某基因在干旱和高溫脅迫下的表達(dá)模式,以期為揭示該基因在植物抗逆過程中的功能提供理論依據(jù)。
二、材料與方法
(一)實(shí)驗(yàn)材料
選用野生型擬南芥(Arabidopsis thaliana)Col-0生態(tài)型種子,將種子用70%乙醇消毒30s,再用0.1%升汞消毒5min,無菌水沖洗5-6次后,播種于含有1/2MS培養(yǎng)基(含0.8% 瓊脂,3%蔗糖,pH5.8)的培養(yǎng)皿中。將培養(yǎng)皿置于4℃冰箱春化2-3d后,轉(zhuǎn)移至人工氣候箱中培養(yǎng),培養(yǎng)條件為:光照強(qiáng)度 150μmol?m?2?s?1,光周期16h光照/8h黑暗,溫度22±1℃,相對(duì)濕度60-70%。待擬南芥幼苗長(zhǎng)至4-5周齡時(shí),用于后續(xù)脅迫處理實(shí)驗(yàn)。
(二) 脅迫處理
1、干旱脅迫處理:選取生長(zhǎng)狀態(tài)一致的4-5周齡擬南芥植株,停止?jié)菜?,進(jìn)行干旱脅迫處理。分別在脅迫0h(對(duì)照組)、6h、12h、24h、48h 和 72h 時(shí),采集植株地上部分組織,迅速放入液氮中速凍,然后轉(zhuǎn)移至-80℃冰箱保存?zhèn)溆谩?/span>
2、高溫脅迫處理:將生長(zhǎng)狀態(tài)一致的4-5周齡擬南芥植株置于42℃的人工氣候箱中進(jìn)行高溫脅迫處理。同樣在脅迫0h(對(duì)照組)、1h、2h、4h、6h和8h時(shí),采集植株地上部分組織,液氮速凍后于-80℃冰箱保存。
(三)總RNA提取與cDNA合成
采用TRIzol試劑(Invitrogen,美國(guó))提取各處理時(shí)間點(diǎn)擬南芥植株地上部分組織的總RNA。具體操作按照TRIzol試劑說明書進(jìn)行。提取的總RNA經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)其完整性,并用分光光度計(jì)測(cè)定其濃度和純度,確保OD???/OD???比值在1.8-2.0之間。
取1μg總RNA,利用反轉(zhuǎn)錄試劑盒(PrimeScript RT reagent Kit with gDNA Eraser,TaKaRa,日本)將其反轉(zhuǎn)錄為cDNA。反應(yīng)體系和反應(yīng)條件按照試劑盒說明書進(jìn)行操作,合成的cDNA于-20℃冰箱保存?zhèn)溆谩?/span>
(四)熒光定量 PCR 分析
以合成的cDNA為模板,利用SYBR Green 熒光染料法進(jìn)行熒光定量PCR分析。目標(biāo)基因的引物根據(jù)擬南芥基因組數(shù)據(jù)庫中該基因的序列信息,利用Primer Premier 5.0軟件設(shè)計(jì)合成,引物序列見表1。同時(shí),選擇擬南芥的Actin2基因作為內(nèi)參基因,用于對(duì)目標(biāo)基因的表達(dá)量進(jìn)行歸一化處理。
熒光定量PCR反應(yīng)在LightCycler 480 II實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀上進(jìn)行。反應(yīng)體系為20μL,包括10μL 2×SYBR Green PCR Master Mix,0.8μL 上游引物(10μmol/L),0.8μL 下游引物(10μmol/L),1μL cDNA 模板,7.4μL ddH?O。反應(yīng)條件為:95℃預(yù)變性30s;95℃變性5s,60℃退火30s,共40個(gè)循環(huán);最后進(jìn)行熔解曲線分析,以驗(yàn)證PCR產(chǎn)物的特異性。每個(gè)樣品設(shè)置3個(gè)生物學(xué)重復(fù)和3個(gè)技術(shù)重復(fù)。
(五)數(shù)據(jù)分析
采用2?ΔΔCt法對(duì)熒光定量PCR數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,計(jì)算目標(biāo)基因在不同處理時(shí)間點(diǎn)相對(duì)于對(duì)照組的相對(duì)表達(dá)量。其中,ΔCt=Ct(目標(biāo)基因)-Ct(內(nèi)參基因),ΔΔCt=ΔCt(處理組)-ΔCt(對(duì)照組)。利用GraphPad Prism 8.0軟件對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析和繪圖,采用單因素方差分析(One-way ANOVA)和 Dunnett&s 多重比較檢驗(yàn)分析不同處理時(shí)間點(diǎn)目標(biāo)基因表達(dá)量的差異顯著性,P<0.05表示差異顯著,P<0.01表示差異極顯著。
三、結(jié)果與分析
(一)總RNA提取與cDNA合成質(zhì)量檢測(cè)
1%瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果顯示,提取的總RNA呈現(xiàn)出清晰的28S、18S和5S rRNA條帶,且28S rRNA條帶亮度約為18S rRNA條帶亮度的2倍,表明提取的總RNA完整性良好,無明顯降解。分光光度計(jì)檢測(cè)結(jié)果顯示,各樣本總RNA的OD???/OD???比值均在1.8-2.0之間,說明總RNA純度較高,可用于后續(xù)的反轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)。反轉(zhuǎn)錄合成的cDNA經(jīng)稀釋后,作為熒光定量PCR的模板,能夠有效擴(kuò)增出目標(biāo)基因和內(nèi)參基因,表明cDNA合成質(zhì)量良好。
(二)熒光定量PCR擴(kuò)增產(chǎn)物特異性分析
熔解曲線分析結(jié)果顯示,目標(biāo)基因和內(nèi)參基因的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物均呈現(xiàn)出單一的峰,表明PCR擴(kuò)增產(chǎn)物具有良好的特異性,無非特異性擴(kuò)增和引物二聚體產(chǎn)生。這為后續(xù)準(zhǔn)確分析目標(biāo)基因的表達(dá)量提供了可靠保障。
(三)某基因在干旱脅迫下的表達(dá)模式
熒光定量PCR儀結(jié)果顯示,在干旱脅迫下,某基因的表達(dá)量隨脅迫時(shí)間的延長(zhǎng)呈現(xiàn)出先升高后降低的變化趨勢(shì)。在干旱脅迫6h 時(shí),該基因的表達(dá)量開始顯著升高,為對(duì)照組的2.3 倍(P<0.05);在脅迫12h時(shí),表達(dá)量達(dá)到峰值,約為對(duì)照組的4.1倍(P<0.01);隨后,表達(dá)量逐漸下降,在脅迫72h時(shí),表達(dá)量仍顯著高于對(duì)照組(P<0.05)。這表明該基因可能在植物響應(yīng)干旱脅迫的早期階段發(fā)揮重要作用,參與植物的干旱脅迫應(yīng)答過程。
(四)某基因在高溫脅迫下的表達(dá)模式
在高溫脅迫處理過程中,某基因的表達(dá)量也發(fā)生了明顯變化。高溫脅迫1h時(shí),該基因的表達(dá)量即顯著升高,為對(duì)照組的1.8倍(P<0.05);在脅迫2h時(shí),表達(dá)量進(jìn)一步增加,達(dá)到峰值,約為對(duì)照組的3.2倍(P<0.01);之后,表達(dá)量逐漸降低,在脅迫8h時(shí),表達(dá)量仍高于對(duì)照組,但差異不顯著(P>0.05)。這些結(jié)果表明該基因?qū)Ω邷孛{迫也具有快速響應(yīng)能力,可能在植物抵御高溫傷害的過程中發(fā)揮一定的作用。
四、討論
本研究利用博清生物科技(南京)有限公司研發(fā)生產(chǎn)的熒光定量PCR儀技術(shù),系統(tǒng)分析了某基因在植物響應(yīng)干旱和高溫脅迫過程中的表達(dá)模式。結(jié)果表明,該基因在干旱和高溫脅迫下的表達(dá)均發(fā)生了顯著變化,且表達(dá)模式具有一定的相似性,即在脅迫初期表達(dá)量迅速升高,隨后逐漸降低。這一結(jié)果與以往一些研究中發(fā)現(xiàn)的植物抗逆相關(guān)基因的表達(dá)模式一致 ,說明該基因可能參與了植物對(duì)逆境脅迫的應(yīng)答過程。
在干旱脅迫下,植物會(huì)感知到水分虧缺信號(hào),并通過一系列信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑激活相關(guān)抗逆基因的表達(dá),以調(diào)節(jié)植物的生理和代謝過程,增強(qiáng)植物的抗旱能力。本研究中某基因在干旱脅迫早期迅速上調(diào)表達(dá),推測(cè)其可能在植物感知干旱信號(hào)、啟動(dòng)抗旱應(yīng)答反應(yīng)的過程中發(fā)揮作用。該基因可能編碼與滲透調(diào)節(jié)、活性氧清除、細(xì)胞膜穩(wěn)定性維持等相關(guān)的蛋白質(zhì),從而幫助植物適應(yīng)干旱環(huán)境 。例如,其編碼的蛋白可能參與調(diào)控脯氨酸、甜菜堿等滲透調(diào)節(jié)物質(zhì)的合成,或者參與抗氧化酶系統(tǒng)的調(diào)節(jié),清除干旱脅迫下產(chǎn)生的過量活性氧,減輕氧化損傷。
在高溫脅迫下,植物細(xì)胞內(nèi)的蛋白質(zhì)、核酸等生物大分子會(huì)受到損傷,細(xì)胞膜的結(jié)構(gòu)和功能也會(huì)遭到破壞。植物通過誘導(dǎo)一系列熱激蛋白(HSPs)和其他抗逆相關(guān)基因的表達(dá),來維持細(xì)胞的正常生理功能,提高自身的耐熱性。本研究中某基因在高溫脅迫初期的快速表達(dá),提示其可能與植物的高溫脅迫響應(yīng)機(jī)制密切相關(guān)。它可能編碼的蛋白有助于穩(wěn)定細(xì)胞內(nèi)的蛋白質(zhì)構(gòu)象,防止蛋白質(zhì)變性和聚集,或者參與修復(fù)高溫脅迫造成的細(xì)胞損傷。然而,具體的作用機(jī)制還需要進(jìn)一步通過基因功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn),如基因過表達(dá)、基因敲除等方法進(jìn)行深入研究。
此外,本研究?jī)H分析了某基因在干旱和高溫兩種逆境脅迫下的表達(dá)模式,而植物在自然環(huán)境中往往同時(shí)面臨多種逆境脅迫的復(fù)合作用。未來的研究可以進(jìn)一步探討該基因在多種逆境脅迫復(fù)合條件下的表達(dá)調(diào)控機(jī)制,以及與其他抗逆相關(guān)基因之間的相互作用關(guān)系,從而更全面地揭示植物響應(yīng)逆境脅迫的分子機(jī)制。同時(shí),可以結(jié)合蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)等技術(shù),從多個(gè)層面深入研究該基因在植物抗逆過程中的功能。
五、結(jié)論
本研究通過博清生物科技(南京)有限公司研發(fā)生產(chǎn)的熒光定量PCR儀技術(shù),成功分析了某基因在擬南芥響應(yīng)干旱和高溫脅迫過程中的表達(dá)模式。結(jié)果表明,該基因在干旱和高溫脅迫下均呈現(xiàn)出動(dòng)態(tài)表達(dá)變化,且在脅迫初期表達(dá)量顯著上調(diào),提示其可能在植物響應(yīng)逆境脅迫過程中發(fā)揮重要作用。本研究為進(jìn)一步深入研究該基因的功能和植物抗逆分子機(jī)制提供了理論依據(jù),也為后續(xù)利用基因工程技術(shù)培育抗逆植物新品種奠定了基礎(chǔ)。但該基因在植物抗逆過程中的具體作用機(jī)制仍需進(jìn)一步深入研究。
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